胆固醇酯转运蛋白介导血浆高密度脂蛋白、低密度脂蛋白和极低密度脂蛋白之间胆固醇酯、磷脂和甘油三酯的转运,直接关联各种脂蛋白分子的组成、大小和浓度,在胆固醇的逆向转运中起关键作用,与动脉粥样硬化的发生发展密切相关。胆固醇酯转运蛋白基因有多种突变,基因突变者胆固醇酯转运蛋白浓度和活性发生改变,并伴有高密度脂蛋白胆固醇水平升高等显著的脂代谢异常。雌激素对胆固醇酯转运蛋白水平也有调节作用。胆固醇酯转运蛋白在小颗粒致密的B型低密度脂蛋白形成中起重要作用,大而轻的A型低密度脂蛋白在高甘油三酯的条件下,经胆固醇酯转运蛋白介导极低密度脂蛋白中甘油三酯与低密度脂蛋白中胆固醇酯交换,导致典型的A型低密度脂蛋白变成强致病性的B型低密度脂蛋白。